Los orígenes de Cáñar se remontan a los primeros años de la ocupación musulmana de la Península Ibérica. De esta época (siglos VIII al XI) data la alquería aneja de ‘El Fex’ y las canalizaciones y acequias de riego. A mediados del siglo XIV, con la división administrativa de la Alpujarra, Cáñar se incluye dentro de la Taha de Órgiva. En 1492, con la conquista de Granada, cae en manos de los Reyes Católicos. Fue entonces cuando la población se vio paulatinamente sometida a una presión que llegó a convertirse en intolerable, y en 1568 un rico terrateniente de la zona, Hernando de Válor, que tomó el nombre de Abén Humeya, se sublevó contra Felipe II. El levantamiento desembocó en una revuelta general entre los moriscos de todo el reino de Granada. En su término municipal, en la alquería de El Fex, fue hecho prisionero Abén Farag, uno de los lugartenientes de Aben Humeya y éste, en venganza, destruyó totalmente la aldea.
La rebelión morisca (1568-1571) afecto las tierras de la Alpujarra que perdió prácticamente a toda la población morisca, hubo saqueos y quemas de la Iglesia y casa de cristianos viejos quedando desabitada casi en su totalidad, pero en 1972 fue repoblada con familias que venían del resto de  la península ibérica.
Las discrepancias internas entre los propios moriscos, que, en 1569, dieron muerte a Abén Humeya, permitieron que Juan de Austria acabara pronto con el levantamiento. Los moriscos serían definitivamente expulsados en 1609 y Cáñar se fue repoblando con colonos procedentes de otros reinos de España.
En un lugar cercano estuvo el poblado de Barja, un poblado anejo a Cáñar, quedó destruído por unas inundaciones en 1816 y desapareció como tal.
Hasta el momento los fósiles más antiguos aparecidos en el termino corresponden a cerámica de uso doméstico, de los primeros decenios  de ocupación musulmana de la Península Ibérica, época emiral-califal (siglo VIII al XI). No se descarta una ocupación anterior, pero lo que si esta claro es que la actuación musulmana en el paisaje deja una impronta que aun pervive, sobre todo en lo relacionado al agua, con  las numerosas acequias de riego que llevan la apreciada agua para la fertilización de esas esmeradas terrazas de cultivo que, con su escalonamiento, marcado por esos soberbios balates de piedra seca que las sujetan, hacen aun más bello el paisaje que conforma el termino de Cañar.
Entre los estilos artísticos sobresale el mudéjar y barroco, representado en la Iglesia   de Santa Ana, la cual conserva un magnifico retablo. Destacar también la presencia de dos yacimientos arqueológicos de origen árabe, y en cerro Man.